Trong khi máy tiệt trùng nước chạy tiệt trùng bằng cách kết nối trực tiếp với đường ống, máy tiệt trùng ngâm cho bồn chứa tiệt trùng bằng cách đưa máy tiệt trùng trực tiếp vào bồn chứa nước hoặc bể chứa. Máy tiệt trùng ngâm có tác dụng ngăn chặn sự phát triển của vi khuẩn trong bồn chứa khi nước được giữ hoặc để lâu trong bồn, bể chứa nước. Nếu nước đã qua quá trình tiệt trùng vẫn bị ứ đọng lâu ngày trong bể, có thể xảy ra hiện tượng nhiễm bẩn thứ cấp do sự lan truyền của vi sinh vật trong bể